illustratorでデータ作成中に保存したが、次の日にaiファイルを開いたらレイヤーが統合されて画像（埋め込みファイル）になっていた

Ten Aさんからあるように、どんな環境でどのバージョンを使っているかは知らせてください。
参考にこちらをどうぞ（リンク先の図は以前のフォーラムを元にしているので内容が若干異なります）
 

おおまかに、
・ファイル形式（ai / pdf）
・作成、保存をしたアプリのバージョン
・ai形式の保存バージョン
が原因でそうなります。

原因はどうでもいいから解決したい、であれば
・環境設定 > ファイル管理 > バックグラウンドで保存 はオフ（これは絶対やってください）
・「保存」ではなく「別名で保存」する
・保存するファイル形式は「Adobe Illustrator (ai)」にする
・保存オプションの「バージョン」を管理する（古いバージョンのファイルを開いた場合、古いのが選ばれているはず）
で、だいたいは解決するかと思います。

状況的には「PDFになってしまった」「保存バージョンが古い状態」のどちらかが想定されます。

よって、新規作成ファイルなのか、古いファイルを開いて上書き保存したのか、などもかかわってきます。

特に後者の場合、上書き保存するとバージョンがそのまま保持される→新バージョンで対応できない部分が今回のような状況になりえるためです。

利用バージョンや保存バージョンなどの確認を行ってみてはどうでしょうか。

なお、マルチポストは適正とは言えません。

funny_Gleam5E4E さん、こんにちは。

状況を伺う限りでは、PDF形式や旧バージョンのIllustratorで保存するなど、Illustratorの編集情報を持たない形式で保存や上書きがされてしまった可能性があるのかなとわたしも思います。

通常の.ai形式で保存していれば、レイヤーが勝手に1枚の画像に統合されることは基本的に起きないと思われます。また、このフォーラムでもここ最近、そういったトラブルの書き込みは見かけてない状態ですので、ユーザーに広く起こっているバグとは考えにくいです。

もしリンクパネルの項目名に「画像はこちら」と表示されている場合、ご自身で入力されたものでなければ、他の人が作ったファイルや、印刷会社などの入稿用テンプレートで使われている名称の可能性があります。そういったファイルを直接開いて作業し、編集機能を保持しない設定のまま保存・上書きされてしまったときの挙動によく似ていると感じました。

Ten Aさんが確認されているOSやバージョンなどの基本情報に加えて、原因を切り分けるために、作業しているファイルがどこから来たものか（新規ファイルから作られたかどうか）や、保存時のファイル形式は何を選んでいるかなど、作業時の様子で覚えていることがあれば書き添えていただくと、回答がつきやすいかと思います。

まったく同じではないですが、類似かもしれない？と思っているケースのディスカッション↓を貼っておきます。

 

まず、情報不足なのでおうかがいするんですけど、利用しているPCのOS・Illustratorのバージョン等、基本情報をお書きください。
まず、透明部分が統合される可能性としては、古いバージョンのファイル形式で保存しているというのがあります。アピアランスなどの実装の問題で互換性が保てない場合があり、古いバージョンのファイル形式で保存した場合に該当箇所が統合される可能性があります。その他、PDFで保存してしまった場合も場合によっては統合されることもあります。