Illustratorで作成したデータをInDesignに配置したところテキストボックス内の改行位置が変更した件

返信が遅れまして申し訳ありません。
PDF表示を確認しまして、イラレの改行位置がヅレて表示されました。
ですのでインデへの配置ではなくPDF表示の時点でヅレが発生していることが確認できました。
ただ、PDF互換がOFFにするとその後のインデへの配置などほかの作業ができなくなるのが問題になるところです。
現状では、当時と環境が異なるためこれ以上の検証が不可能な状態です。
原因が別のところにあることが確認できました。ありがとうございました。

・イラレデータは過去に作成したもので、改訂するにあたり確認した際、今回の事象が発覚したことになります。
しかし、作業環境の違いで作成時とのバージョン違いなどでテキストに関するアラートがでたり、テキストボックスを触るとズレるなどはあると思いますが、データを触ることもなく保存し直すこともなくイラレとそれを貼り付けたインデでテキストボックス内改行位置が違うことになります。

・バックグラウンドで保存のチェックは入っていました。
書き込み不全が発生することもあるのですね。

aiネイティブ形式（PDF互換ファイル）をリンクした、という認識で合っているでしょうか（コピペじゃないですよね？）
↑コピペではなく、aiネイティブ形式で配置しています。

再現できるデータで、フォントを変更しても再現するでしょうか？
↑ フォントを変更すると、カーニング（オプティカル）・トラッキングを入れているためか改行されてしまいます。（イラレ上で）
それをインデに配置するとイラレとの差分は見られません。

イラレ上でレイヤーの非表示はしておらず、イラレとそのイラレデータを配置したインデでのテキストボックス内の改行位置が異なっている状態です。