Illustratorで保存は完了しましたが、完全に保存されていませんでした

もし今回、ネットワークのストレージなどに保存している場合はそれ自体が問題の要因になりえます。

その場合、確実なのは結局、ローカルでの作業と保存を行うことになってしまいます。

https://helpx.adobe.com/jp/x-productkb/multi/cq06151717.html

その現象は当該AIファイル，あるいは他のAIファイルを使って再現できますか？　それともそれ一回きりでしょうか。

それと，17MBのファイルと250MBのファイルは同一のAIファイルを指しているのでしょうか。

（つまり17MBで保存されてしまったAIファイルを開いて再保存したら250MBになったのでしょうか？）

念のため，OSのバージョンと，InDesignからの書き出し設定（恐らくPDF書き出しかと思いますが，その場合はPDF/X-4やプレス品質などのプリセット）などの情報もあったほうがよいです。

そのとき一回きりの現象だと，AIファイル（内のPDFの部分）がたまたま正常に保存できていなかった，くらいのことしか私には思いつきません。

今回の件とは関係ないかもしれませんが，「バックグラウンドで保存」がオンの状態だと保存が正常に行われない確率が上がるようです。古いバージョンについての記事ですが，下記ご一読いただければと思います。

Illustrator 2020の保存時間を短くするには「バックグラウンドで保存」をオフに 

バックグランドで保存してませんか？
環境設定のバックグランドでの保存がONになっていると保存時の時の開放は早くなりますが、裏で保存プロセスが継続されています。操作状況やストレージの状態によってはけっこう遅延しますのでその間にファイル操作を行うとトラブルの原因となります。様々な要因が絡むのでバックグランドでの保存や書き出しは避けたほうが無難です。