ILで作ったものと実際プリントしたもので寸法が微妙にずれるのはどうしてでしょうか？

monokanoさんがご指摘されているように、まずは環境としての話が必要に欠かせません。

そうでないと再現性も見出せないからです。

そのうえで、IllustratorおよびPDFを印刷した時点での具体的な情報（印刷設定など）も必要です。

今回の場合、先に示したように、どのように元オブジェクトの数値を確認しているか、

線幅などの設定状態は何か、など、オブジェクトの具体的な状態もあるのが望ましいです。

個人的には、PDFを印刷した時点で逆に縮小されて、偶発的に意図した状態になった可能性も

視野に入れたほうが良いと思っています。

akatsuki_pocket さんが指摘されているのは、ここの設定です。「拡大・縮小しない」を選択していますか？