PDFをillustratorで修正したものを印刷会社で印刷してもらったら、色がおかしくなった

1．そもそも商用印刷目的でのPDFは再編集する／できるファイル形式ではない

2．CMYKデータにRGB画像を貼っている

上記2点だけでも、何が起きても不思議ではありません。

＞会社の複合機でも

会社の複合機が、印刷会社のRIPと同じ処理方法をとっているのであれば比較対象の検討ができますが、そうでなければ、「こちらでは出たから」といっても何も担保できません（出力に対する理屈が違うからです）。

今後は、そういった場合は手元のPDFでどうにかしようと思わずに、画像を元の作業者に戻して差し替えてもらうようにしましょう。

＞PDF上では正常に見えても、
＞印刷会社で印刷するとおかしくなってしまうことはあるのでしょうか？

「ある」「なし」で言うと「ある」ですね

たしになる話かわかりませんが、

ロゴのpngをPhotoshopで開いてみてください。

で、透明と思われる部分にマウスカーソルをあてて、情報パネルにカラー値が出るか見てみてください。

　↓ これはスクショがとりづらいのでカラーサンプラーを使用しました。

カラー値が出ない場合は、自分の見当違いです。

カラー値が表示された場合、そこは完全な透明ではなくて不透明度が低いながらもピクセルが存在しています。

この場合、CMYKドキュメント上で透明の分割が行われたとき、へんな結果になる可能性があります。

どうでしょう？

名刺データ.pdfがCMYKだろうことは想像できますし，ロゴデータ.pngがRGBなのは当然ですね。部外者が原因究明するには，それ以外の，当事者でないと知り得ない部分の情報がある程度必要かと思います。

粗ロゴ名刺PDFがどのアプリケーションで作られどのような設定で書き出されたものなのか，Illustratorだった場合に編集機能は保持されたPDFだったのか，ロゴ自体にあるいはロゴの背面に透明効果が使われているかどうか，納品したPDFはどの設定で書き出したか，PDFの確認はAcrobatで行ったか，などいろいろです。印刷会社に問い合わせている場合はその返答内容などもあるといいですね。

もともとRGBのデータなのでしょうか。

印刷ですとCMYKなので、色としては変わることがあります。（一般的にはくすむ傾向にあります）

またIllustratorでPDFを開くと、開いた時点で結果が意図しない状態になることがあります。

PDF編集用ツールではなく、PDFを開くと編集できるように強制的に解釈処理するためです。

なおでこちらの可能性もありえるところです。