PDFデータをillsutratorCC2024で開くとPDFと異なる部分（先祖返り的な状態）がありました

そのPDFは、もしかすると下記のようなものかもしれません。

・元々はIllustratorで作成された

・IllustratorからPDFで保存する時に「Illustratorの編集機能を保持」をONにしていた

このようなPDFファイルであるという前提で考えてみます。

このPDFファイルをAcrobat等のPDF編集アプリで加工したとします。その加工はPDFデータのみに反映されるので、Illustrator編集機能（＝Illustratorネイティブデータ）は加工前の古い状態のままになります。

この加工されたPDFファイルをIllustratorで開くと、PDFデータが完全に無視され、Illustratorネイティブデータが読み込まれて開く場合があります。そうすると加工前の古い状態で開かれることになります。これはバグではなく、PDF編集アプリで加工してしまったことで発生する事故です。

IllustratorネイティブデータではなくPDFデータの方を利用するには、PDFデータをリンク配置し、埋め込みにすることで、PDFデータを（無理矢理に）Illustratorのデータにすることができます。

実際になにが起きているのかを知るにはPDFをの内部構造の精査が必要で、Illustratorの問題よりPDFの状態に問題がある可能性は高いのではないかと思いますが現物を見ないことには判断は出来ません。
もとより、assauseさんの指摘のとおりPDFをIllustratorで開く行為自体は完全に保証されたものではないです。PDFの書き方によってはIllustratorが認識できない状態になることもあります。Illustratorが正常に読み込めないのであればAcrobatから部分編集をかけるような処理に切り替える必要があるでしょう。
いずれにしろ、編集データとしてPDFを利用する場合は相応のリスクがあることを念頭に対処が必要です。

PDFデータの出自やつくり次第なので，事前にAcrobatで開いて確認し，必要があれば修正を行ったのちにIllustratorで編集するのがよいと思います。

確認ですが，Acrobat，IllustratorそれぞれでそのPDFを開くと内容が異なるということですよね？

Illustrator自体がPDFを開くためのソフトではなく、PDFデータを開いた場合は意図しない結果になる場合はあり得ます。

Illustrator編集情報がないPDFの場合、これを避けることはできません。

今回の場合、aiファイル自体は残っていないのでしょうか。

結局、確実なことを考えるとその最終データを開いての確認が必要となってしまうところです。