PDFデータを配置すると一部の画像が消える

iText自体は基本的にサーバーのバックエンドに組み込まれ、そこでPDFを自動生成する際に利用するものです。ですから、iTextが書き出したと言うならIllustratorで書き出されたものではなく、テンプレートにIllustratorを使っているか、生成したPDFを Illustratorで加工したものなのでしょう。

書き出し時に設定がまずいとか、イレギュラーなフィルター処理が混ざってくる可能性は0ではありませんし、API側に問題がある可能性もあります。

支給を受けたものであるのなら、どの様に作られたものか問い合わせて書き出し場合によっては方法の再検討等を相談した方が良いのでは無いかと思います。

単純に考えると、iTextを使ってること自体が相当イレギュラーではないかと思います。

Illustratorで標準でPDF生成できる、そうでなくとも何かの理由でPSファイル生成でAcrobat Distillerを通すことがあったとしても、オープンソースのiTextを通すだけのメリットは、特殊な事情でもない限りは通常はないと思います。

また、Adobe製品で正常に扱えることを保証しているのは、Adobe純正エンジンで生成されたPDFだけですから、iTextを通して処理してしまったPDFは保証の限りではありません。

それとは別に、Illustrator 24.0.1自体が、Ver.24としてはかなり初期のバージョンです。

最終としてはVer.24.3か24.3.1あたりになるはずで、そこまでアップデートしていないこともイレギュラーのうちになります。

（Ver.24以下はすでに再インストールすら困難、というのもあります）

Illustrator直書き出しじゃないPDFはよくそういう風になります。

AcrobatDCでPDF書き出したりフィックスアップですかねぇ…Acrobat周りに詳しい人が出てきてくれるでしょう。

「画像が存在する」ことはどのような手段で確認されましたか？