pdf形式で書き出すと、テキストコピペできるもの、できないものと混在する形になります。

jdash2000さんのご指摘もありますが、今回の場合、バージョン、OS環境、利用フォントや実際の文字列情報などもあるといいでしょう。

コピー&ペーストできなかった結果など、前後関係の情報は再現確認を行うためにも重要な話です。

I don't know how ligatures are used in Japanese, but they will cause the text to be outlined in a PDF.

You can turn the Ligatures option on and off in the OpenType panel.

PDFの書き出し方法はどうされていますか？

Illustratorから直接PDF書き出しをする場合、PDF/X-4の形式で書き出せばテキストをコピペできる確率が高まります。PDF/X-1aの形式だと、文字がアウトライン化されたり、画像化されたりする可能性が高くなります。