ver,24.2のアップデートからの整列ツール

v24.1でもおかしいとすると，おっしゃっている「基準」というのが何を指すのか（できればどのような作業・操作手順を踏むとそうなるのかなど）を書いていただかないと何を回答すればよいのかわかりません。

bizarre_nさんはキーオブジェクトが勝手にコロコロ変わるものだと判断して回答されていると思います。

バージョンは24.2でしょうか？

24.2.1で、整列のバグが修正されています。

バージョンを今一度確認されて、まだアップデータを当てていらっしゃらないようなら、当ててみると良いかと思います。