いくつもの線が複雑に絡み合ってるのを解消する方法

自動的にだったり簡単に、ということだと、それは難しいと思います。

おそらく単純にパスファインダーで結合という話ではないと思いますし（それだとひと固まりのまとまったオブジェクトになってしまいます）、中心と周辺の要素ごとのラインやオブジェクトとしては残すことを想定しているのではないかと思います。

そうなるとパスファインダーを使うにしても、残す線の情報を加味しつつ、結合する要素自体を人が判断しての選択・処理が必要になってきます。