「このドキュメント内のリンクされたオブジェクトの一部が更新されました」と表示される件について

心当たりはあるんですが、該当する記述がIllustratorのユーザーガイドに見つかりませんので、これとは違うかもしれません。あくまでも「私の推測」ということで理解していただけたらと思います。

InDesignユーザーガイドの次の箇所を見てください。

データ結合

の「データソースファイルへの画像フィールドの追加」のところです。

このブロックの下の方に「HFS パス」「POSIX パス」と書かれた表があり、その上の［注意］のところに理由があります。InDesignではバージョン19.5（2024）からファイルパスの内部情報の保持方法が変更されています。

おそらくIllustratorでも、同様に内部でのパス情報の保持方法を変更したため、そのようなアラートが出ているのでは？　という推測です。変更時期が近そう、また、ユーザーにとっては気にしなくてよい変更内容であることがその理由です。

間違っているかもしれないのでうのみにしないでください。