アウトラインをかけるとレイアウトが崩れる

アウトライン化の処理としての確認はbizarre_nさんの仰る通りではありますが、崩れた、というのは、アウトライン処理を行った後の話なんでしょうか。

「印刷が上がってきた」ということだと、アウトライン処理を行った直後には何もなく、その後、印刷側にデータを渡した後に起きている可能性も否めません。

一つ思いつくのが「PDF/Xとして入稿しているにもかかわらず、出力側で再度Illustratorで開いた可能性」です。

その場合はPDFを強制的に解釈しなおしますから、開いた時点で結果はおかしくなります。

また通常、PDF/Xで運用する場合、フォントも含めてアウトライン化は一切不要です。

出力側でもワークフローRIPでダイレクトに出力処理（面付類を含む）を行うのが通常のフローです。

いずれにしても不明瞭な点が多いのは確かなので、状況を整理しなおすことをおすすめします。

いくつかお尋ねしたいのですが、

1．「データをアウトラインした」と言うのはどのような操作を指しますか？フォントのアウトラインを取ったと言うことでしょうか？

2．具体的にどう言うコマンドをどの順番でかけたか教えてください。

3．消えてしまったアミは1オブジェクトでしょうか。オブジェクト自体は残っていて色が消えたのか、オブジェクトごとなくなったのか、オブジェクトが移動したのか、どれでしょうか。

4．「表組を組んで」というのは、線と文字とを組み合わせて、そのような見かけを作ったということで良いでしょうか。表組を組むためのツールを使っていたりしますか（Illustratorには表組み機能がもともとありませんので）