アートボードが2個作られてしまう

おはようございます。
おっしゃるとおり微妙にストレスですよね。私もそう感じています。
しかしながら、現状は「仕様」のようです。
プリセットでHDVやフィルム関係を使うメリットはそのプロジェクトで作ったイラストレーターファイルは、AfterEffectsにもっていっても端がかけません。オブジェクトが端からフレームインしてくる動画を作る際は便利です。他のプリセットだと、アートボードの外に配置したオブジェクトは欠けてしまうか、表示されませんが、HDVやフィルム関係のプリセットだとAfterEffectsに読み込んだとき、ちゃんと表示してくれます。
おそらく、その弊害が　アートボードが２つできてしまっているのだと思います。
そうった連携を想定されないのであれば、Web系のプリセットをお使いになるのも一つの選択肢かと思います。