イラレCC　プレビュー上では保存されているのに、開くと保存前の状態

monokanoさんもおっしゃってましたがそのファイルをAcrobatで開いた場合はどうなりますか？

CS6だとPDFとAI部分が異なるデータが簡単にできてしまうので一応念のために。

最近使用したファイルのアイコン上にカーソルを置いてしばらくすると、保存場所がどこなのか表示されます。その内容と、実際に保存したものの保存場所は同じになっていますか？

プレビュー表示との差、という話ではなく、ひょっとしたら実際にファイルが違っている、バージョン違いの事故か、「最近使用したファイル」が別のものを開いてしまっているのか、ということなのかもしれません。

プレビュー上では保存されているのに

これはmacOSの「プレビュー」アプリで開いて見た状態のことでしょうか？

まず基本的な前提として、.aiファイルの中は、

1. Illustratorデータ
2. PDFデータ

この２つの異なるデータが格納されている二層構造になっています。

そしてアプリによって開くデータも異なります。

• Illustratorが開いて表示するのは 1 のIllustratorデータのみ
• 「プレビュー」が開いて表示するのは 2 のPDFデータのみ

1 と 2 の見た目が異なるのは、ちょっと考えにくいので、「プレビュー」ではなくAcrobatで開いてみてください。2 のPDFデータはAdobeのPDF用なので、Adobe Acrobatが最も正確に表示されます。そこでの表示を確認してみてください。