オブジェクト全てがJPEGに置き換わってしまった。

まずは下記について記載してみていただけないでしょうか。

• 使用しているOSバージョン
• Illustratorの具体的なバージョン（少なくとも「CC 2015.3.1」などは欲しいです）
• 保存形式と保存した際の手順
• どのようにJPEGと確認したか

単純なところで言えば、通常のai形式で保存した場合だけであれば、

作成したものが勝手にJPEGになることはありません。

また、ペンツールで描いたものがビットマップになった場合だとしても、

JPEGと判別できるのは、基本的にはリンクされたパネルですし、

その場合も埋め込みになっている場合はJPEGかどうかの判別もできないはずですので、

どのように「JPEGに置き換わった」のかを認識したのか、というところも気になります。