オーバープリントを直す方法はありますか？

透明効果を適用したオブジェクトに対するプレビュー表示はあてになりません。これはInDesignでも同様の結果となります。

プレビュー

オーバープリントプレビュー表示

PDFを書き出した場合にも注意が必要です。

出力プレビューを表示していない状態

出力プレビューを開いた状態であれば正しく表示されます。「オーバープリントをシミュレート」をオフにしても正しく表示されます。Acrobatで正しい色を見るには出力プレビューを表示した状態でなければなりません。

従って、オーバープリントを直すのではなくプレビューの色が正しくないので直すのはドキュメントの方です。

［オーバープリントプレビュー］は便宜的な名称です。

オーバープリントだけでなく、ドキュメント全体をより正確に表示する機能と考えてください。

色が変わってしまうのは、assauseさんの回答通り、［編集 >カラー設定...］に原因がある可能性が高いでしょう。

データの状態、カラー設定を見直してみてください。

またマルチポストは一般にはマナー違反です。