スウォッチを消すと色が変わる

＞CMYK入稿の場合なのに特色スウォッチがあると出力ができずエラー出る

出力できないか、というとそうではないんですが、意図しない出力版が出る可能性があるので、（事前チェックがないまま出力するようなことがあれば）余計な版数の出力になりかねない、ということになります。

また出力直前で強制的にCMYK変換も不可能ではないですが、あくまでも強制なので、意図しない色変化になる可能性はあり得ます。

またCMYKだとしても、端数の数値はよほどの理由がなければ扱わないほうがいいとは思います。

そこまで設定しても実際にその数値通りの出力反映にならないこともありえます。

なんだか横からすみません。

>利用色一覧にならないのでは無いかと思うのですが

スウォッチは、「利用色」というよりは、いわばドキュメントへの「登録色」です。

スウォッチのカラーをオブジェクトに適用するもしないもユーザー次第、

自分で作った色をスウォッチに登録するもしないもユーザー次第、です。

オブジェクト上にしか存在しない色Cは、スウォッチに自動で追加はされません。

場合や規模によっては、わざわざスウォッチを使うまでもない制作物もあるかと思います。

カラーを一元管理しようという意思があって、はじめて意味をもつのがスウォッチの機能です。

公式のヘルプはちょっと「何に使うのか」がわかりづらかったのでweb検索してきました。

ここがシンプルで基本的なことが伝わりやすかったです。

【Illustrator】スウォッチを活用しよう

>スウォッチにカラーを登録しよう

>制作をする中でよく使うカラー、お気に入りのカラーを登録しましょう。

の文言の通りですね。