テキストを箱組みにした際の、最後の字のカーニング調整ができなくなった。

和文書体の文字は基本的には正方形内に設計されていますし、約物関連は原則としてその半分の中に納まるように設計されてます。

よって、文章組みをするときは、その基準を元にして組まれるのが適切、という考えも出てきます。

（小学校で習う作文と同じような話になります）

１行の文字数がその正方形を等幅で並べる（ベタ組み）ことができるように数値で作成されているかどうか、ということになってきますし、その場合、最終行に句読点が来た場合は、（行の途中で調整がなければ）１文字幅ということになるので、むしろ空くのが正解ともいえるところです。

プロポーショナル組みの場合でも、最終行の末尾だけは成り行きにしかできない、というのもあります。

逆に行末のアキをなくすということだと、その前の字間全体が空いてしまう、ということになるのですが、そのあたりの考えはどうでしょうか。

場合によっては、たとえば日本エディタースクールより発行されている、文字組版を扱う出版物を参考にしてもいいかもしれません。