データクラッシュ後のリンク切れ

バージョンが不明なのではっきりとしたことは言えませんが、最新のバージョンであるver.25だとするとメモリが少なすぎるのもクラッシュの一員となっている可能性もあります。そして、クラッシュした際にIllustratorの自動復帰する書類上のリンク情報が消えるというのはわたしもたまに経験します。

元々クラッシュしたのですからテンポラリファイル自体が安全に保持されている保証はどこにもありませんので、そういうものだと認識した方が良いでしょう。

なによりもCrtl＋ｓで自衛することが大切です。

Illustratorのファイルとリンクしたファイルが同じフォルダにあっても起きる事象でしょうか？

自動バックアップされたものであれば、あくまでもバックアップ時点の保存が元になってるとは思います。

ただリンク切れを起こすということだと、ファイル自体が同じパスになっているかどうかはあります。

クラッシュ後に元ファイルの移動やリネームをしていないかは確認した方がいいでしょう。

また自動バックアップはあくまでも自動バックアップとして、一定の復旧を想定した方がいいところです。

できればこまめな保存と自身でのファイルコピーによる二重化などを考えたほうがいいと思います。