パターン　制作時と完成時で仕上がりが異なる

問題点となりそうな部分としてはajabonさんの指摘にもあるタイルが最低限で作られていない点と各パーツがに描画モードが設定されているという点です。
少し内部構造的な観点からどのようにするのが最適なのかを書いておきます。

右側がオリジナル、左側が同じ見た目になるように調整したタイルです。この２つは画面上の表現はほとんど同じになりますが、オリジナルの方はPDFの書出し方によってはラスター化を通りますのでプロファイルの影響を受ける可能性があります。この２つの違いはタイルサイズだけではなく各部品のカラーを描画モードより算出されるカラー値に置き換えて描画モードを通常に変更したものです。

こちらはIllustratorがパターンを保存した状態です。最適化をかけた方では描画モード関連の設定が含まれずパスオブジェクトの記述（末尾がｍやLの行）がすぐに始まっています。一方、オリジナルの方では描画モードに関連する情報が付加され矩形がシェイプ情報を持ったままの状態で、タイルサイズも大きいことからデータ量としては1.5倍以上の規模となっています。
元々パターンというのは演算負荷の大きな処理で、データ書出しの際も容量増加の一要因となっています。特にタイルサイズの大きなものは負荷をかける原因となりますが、各パーツの描画モードも拍車をかける結果となります。
質問内容に関しては再現しませんでしたが、このような構成のパターンは思った以上にメモリを消費します。考えられるのはGPU処理とメモリ利用量の兼ね合いですが、パターンの構造を見直すことである程度の改善の余地は見込めるでしょう。