パターンで透明（乗算）すると線が入る

そのスクリーンショットだけだと何とも言えないのですが、細かく分割されていて重なりのある状態、ということはないでしょうか。

そうすると重なっている部分が濃くなると思われるためです。

出来ればオブジェクト選択の状態やアウトライン表示があるともう少しオブジェクトの状態がわかるようには思います。

あと質問される場合にはOSや利用しているソフトの具体的なバージョンを記載されることをおすすめします。

パターンの全容がわからないうちははっきり言えないのですが、

スウォッチパネルでパターンをダブルクリック、でパターン編集モードに入り、

「オブジェクトにタイルサイズを合わせる」のチェックが外れている状態なのか、確認してみてください。

チェックが外れていれば、タイルの右端と左端、上端と下端が少しかぶる状態で保存されている可能性があります。

通常それでも構成オブジェクトそのものに乗算がかかっていない限りは濃い線は出ないことになっているのですが、タイルサイズを正しく設定することで回避できるならそれでもいいかと。