ファイルを開き直すと貂明朝がアウトライン化されてしまう

そうすると、原因はひとつだけです。

パントーネさんは気づかずにバージョンダウン保存しています。

最新バージョンで保存しているからといって、かならず最新バージョンで保存されるわけではありません。たとえば、

1. CS6に下位バージョンで保存したaiファイルを開く。

2. 加工して「編集 > 保存」でファイル保存する。

このとき、IllustratorはCS6で下位バージョン保存しようとします。2の時点でデフォルトで警告が表示されるのですが、この警告は表示をOFFにできてしまいます。警告がなければ気づきません。再び警告するようにするには「環境設定 > 一般」にある「すべての警告ダイアログをリセット」ボタンを押します。これで再び警告されるようになるので、下位バージョン保存を防げます。

なお、貂明朝がアウトライン化されてしまうのは、カラーSVG絵文字が含まれているからでしょう。どうやらカラーSVG絵文字に非対応のCS6以下にバージョンダウン保存すると、一律にアウトライン化されてしまうようです。

別名保存自体は一度もしてないように思いますがどうでしょうか。

少なくとも一度、それを行った後に再度開いて状態を確認してみてください。

また現状のファイルについて、外部から保存形式バージョンをチェックする方法もあります。

とろ庵さんの「EPSとAIファイルのバージョン識別ツール」であればその確認ができます。

（サイトではWindows 7までとなっていますが、Windows 10での動作やVer.25のデータでもチェックは可能です）

https://www.trojanbear.net/s/epsid

念のため、下記のトラブル対策を実行してみて下さい。

https://helpx.adobe.com/jp/illustrator/kb/cq03040007.html

また、保存しているファイル形式や、作成したドキュメントでのアピアランスの仕様有無など、もう少し詳しい状況をお知らせいただくと、より的確な回答がつきやすくなります。