ベースラインの位置がズレる

その棒はU+2015ですよね？

Illustratorの縦組はどうしてズレるのか
2024までは上記のように杜撰な仕様だったのが、2025でまともな仕様に修正されたのでしょう。

> バージョンの移行に伴い、他のデータでもこのようなことが気づかぬうちにおきてしまうのが不安です。。

aiファイルを開いた時に文字組みの変化があれば下図のアラートが表示されるので、気づかないことはないはずです。

左下の「再表示しない」のチェックを入れてしまうと、このアラートが表示されなくなるので危険です。「環境設定 > 一般」にある「すべての警告ダイアログをリセット」ボタンを押して表示されるようにしましょう。

テキストエンジンの刷新については結果として避けようがない、というのがありますので、個別に設定・調整が必要になります。

またそのダーシの文字コードは何を落合でしょうか。
一般的に日本語においてはu+2015を利用するため、それ以外の文字を使う＋調整している場合は影響するのではないかと思います。