ロゴの背景がピンクになってしまう

完全に透過しているpngファイルでしょうか。

実は色情報が残っているということはないでしょうか。

Photoshopで開いて確認されているかどうかなども気になるところです。

また透明が含まれるデータについては印刷出力時にラスタライズされ、その結果として色が出てしまうようなケースもありえます。

できれば一度、Acrobat Proでも開き、印刷工程の出力プレビューなどで数値確認も含めてチェックされることをおすすめします。

あと、機能面や印刷としての話でいえば、やはり基礎としての知識取得や理解把握は必要になるところです。

印刷データをどのように出力するかなどもあるのですが、オフセット印刷の場合、RGBデータのみのpng形式だとあまり適正ではない、ということもあったりはします。

たとれば出力の手引きなどもご覧になることで知識は深まるとは思います。

一般的な世間話と受け取って返答すると、ロゴの元データを調整するか又はPNGの調整が必要と思われますが、PNGはイラレで調整はしないので初心者の方には難しいと思われます。

荒い画像ですが、添付画像のような色の付き方をしています。

印刷したものをPDF化しているので、色が分からないかもしれません。