不要なレイヤーを削除しても、開くと復活してしまう

保存前に処理した内容がすべて元に戻る、ということでしょうか。

また、任意のセキュリティソフトを入れたりしたりしてないでしょうか。

Illustratorの場合、上書き保存としても、一時的に別名ファイルの保存→既存ファイルの削除→別名保存したファイルのリネーム、といった流れで処理をしているのですが、その処理が外的要因で正常に処理できていない可能性があるかもしれません。

企業組織で使っているとしたら共通した常駐系ソフトの利用があると思いますので、まずはその確認をしてはどうでしょうか。

もしサーバ上で作業していたら、いっぺんローカル（デスクトップなど）でやってみてください。

「最新」も、ほんの1〜2日で最新でなくなる場合があるので、できれば数字を書いておいてもらうとのちのち参考になります。よろしくお願いします。