二本指ジェスチャーが使えなくなってしまった

iOSデバイスでトラブると対応できることが限られていますのでまずiPad自体の再起動から試してみます。

これで正常にならないようならアプリケーションのアンインストールを試します。設定→一般→iPadストレージ以下のIllustratorの項目からAppを取り除くで既存のデータは保持したままでアプリケーションだけを削除可能です。削除後はiPadを再起動してから再インストールします。
これでダメなようならAppを削除で関連ファイルなど全て削除してから再インストールします。この手順では作ったデータなどは必ずバックアップしてから実行してください。