保存すると勝手に複製されます

複製されるのは，「….pdf-xxxxxxxx.tmp」のようなファイルでしょうか？

だとしたら，

　・環境設定＞ファイル管理・クリップボードにある「バックグラウンドで保存」のチェックを外してみる

　・アンチウイルスソフトをオフにしてみる

　・環境設定ファイルをバックアップ後に再作成してみる（ページ右の注目トピック＞トラブルシューティング「おかしいなと思ったら」参照）

　・Illustratorを再インストールしてみる

などを試して再現するかどうかを確認してみてください。

※Illustratorのバージョン（ver25.2.3 など）とOSのバージョン（Win10/20H2，macOS11.3.1など）は書かれたほうがよいです。