保存方法について教えてください

まずイラストレーターで1つのレイヤーに1つのイラストという感じにイラストをレイヤーに分けて保存します。

次にアフターエフェクトでその.aiファイルを読み込みます。

読み込むときの「読み込みの種類」を「コンポジションｰレイヤーサイズを維持」または「コンポジション」にして読み込むとアフターエフェクトに新しいコンポジションとして.aiファイルが読み込まれます。

そのコンポジションの中を見てもらえば、ちゃんとイラストレーターで保存した時のようにキャラクターがレイヤーに分かれていると思います。