①印刷時にクリッピングマスクのオブジェクト付近に線が入る　②pdf化したデータ印刷時の不具合

分割・統合プレビューは、どのような場所が透明としての影響を受けるのかを確認するものなので、その影響状態で印刷に影響しないかを確認する機能になっています。

ハイライトを「透明オブジェクト」にしたり、「営業されるすべてのオブジェクト」で確認したうえで、実際の印刷結果と同様の影響範囲かどうかを確認するところが必要になります。

該当のヘルプは下記になっています。

透明が使用されているアートワークのプリントおよび保存

分割された場合、出力機などによってはストリークという分割線が発生することがあるものの、何を最終出力にするかなどによっても影響は関わるところです。

これは、画像をクリッピングマスクしたものに、紺色の線、白いボカシなどの「効果」を適用した状態、ですかね。

● 問題の発生したPDFの仕様はわかりますか？

中でもとくに「互換性」を見たいです。

●「印刷」は、RIPのない家庭用プリンターでしょうか？

プリンターの性能とPDFの仕様との兼ね合いにより、正しく出力できない場合というのは、あります。

不透明関連の処理を使っているのであれば、印刷時にそこが分割ラスタライズ処理されているのではないでしょうか。

その場合は残念ながら直接的に避けることはできません。

（PDFにしたうえでAcrobatでの出力の際に全部ビットマップ化するなどの方法はあるのですが）

どこを最終の出力にするのか次第でもあるのですが、確認用のプリントという範疇であれば、運用面である程度の割り切りが必要になるところです。