同じ行でフォントのサイズを一部変更すると、行間が変わる

行送りの部分がパーレンで囲まれていませんか？

その場合、段落パネルメニューの「ジャスティフィケーション」の「自動行送り」の設定に依存しますから、

文字サイズに対する比率となります。

変化しないようにするには、行送りの部分に数値を入力し直します。

正確には「同じ行で一部の文字サイズを大きくすると行間が変わる」ですよね。

• 文字パネルメニュー：文字揃え > 欧文ベースライン
• 段落パネルメニュー：欧文基準の行送り

この設定にして、あとはベースラインシフトで個別に場当たりで位置調整するしかないでしょう。