回転で改行位置が変わります。

もし、なんかすごい理由でコピペ面付け以外の選択肢がない、ということでしたら、

・アピアランスの分割

・移動や回転はダイアログで行い「パターンの変形」は必ずチェック

は最低限気をつけたほうがいいかも。

これ以外にもあぶない要素はいくらでもあるので、もちろんおすすめしないんですが

今回の件とは別に、面付、ということであれば、PDF（またはEPS）をリンクで配置したほうがいいのではないかと思います。

直接開いてコピー＆ペーストと回転では、トラブルが起きることもあるためです。

90度回転させる前から改行位置が変わっていたと言うことはないですか？

段落スタイル／文字スタイルを使っている場合や、文字組アキ量設定を使っている場合、他の書類からテキストをペーストすると、ペースト元の設定に統合されてしまうと思いますので、そこで改行位置が変わることは考えられます。

また、Illustrator8や10のような古いデータの場合は、ペースト直後は同一体裁であっても、なにか操作をしたとたん現在のバージョンの設定に置き換わり、組版結果が変わるというのは仕様です。

ただしその場合は、通常であればなにか警告が出たはずだったと思います。

Illustratorでどうしても丁付を行わなければならないのであれば、一度PDFに書き出してそれを配置したほうがいいと思います。

もしくは、InDesignで丁付したほうがいいでしょう。

生のデータを貼り付けてどうこうすると、今回のようなことが起きたり、データの取りこぼしが起きがちなのであまりお勧めできません。