変形でのサイズ変更でmm単位でずれる

もしかして環境設定の「プレビュー境界を使用」にチェックが入っていませんか？

プレビュー境界を使用にチェックが入っているとオブジェクトのサイズではなく線幅や効果などを含めたサイズが表示されます。

その上で線の単位がポイントなどになっていると小数点以下のミリ単位でサイズが表示されることになります。

プレビュー境界を使用のチェックを外し、線などの単位をあわせてみてください。