完成形のページを半分切り取りたい

見開き2ページを１つのアートボードで作ってしまっている、ということでしょうか。

その場合、１ページ１枚のアートボードを配置してPDF等で書き出し、製本用の面付はそのPDFを別ドキュメントで処理する方がいいのではないかと思います。

実ファイルを分割するのはいろいろ危険なので、下記が落とし所でしょうか。

1. Illustrator形式（.ai）で保存する。PDF互換ONで。

2. 対向面付け用に空のaiファイルを作る。

3. 2に1をリンク配置する。

1のaiファイルのアートボードサイズを工夫すれば、3はそれほど面倒ではないです。