指定の広告サイズを貼り付けると

Illustratorで「プレビュー境界を使用」にチェックを入れて選択した際のサイズが指定の広告サイズになっていれば、先方がサイズを確認する際にチェックを入れてしまっているのが原因と考えられます。

オンにしてチェックした場合も、

- パスの外側の線幅

- 透明効果（ドロップシャドウ）などの領域

などがサイズに含まれるので、線幅のみが原因とは言えないと思います。

線幅が原因であると断定できるなら、

- Illustratorの線幅の仕組み……パスの外側・内側に太る

- 対策方法……パスの位置で調整・長方形を組み合わせて「中マド」で作成

- 確認方法……長方形ツールで広告枠のサイズでガイドを作成、はみ出ていないかをチェック・アートボードサイズを広告枠のサイズに設定して作成し、トリミング表示で仕上がり確認

などをお伝えするのが良いかと思います。

指定サイズより大きい場合の取り決めがない状態なのですかね？

広告を差し戻すということ自体、慣れたところ同士ではあまりしないと思います。普通、次のどちらかに決めているんじゃないかな。

・中心位置から100％で配置し、指定サイズでクリッピングする

・指定サイズに納まるよう縮小する

どんな相手先かわからないですが、この同意がないまま「Illustratorで制作するとき「線の位置」を内側にチェックを入れて制作してください」だと、自分の都合を相手に押し付けていると捉えられてしまうかもしれません。

フィードバックするのなら「このまま貼ると外周の線の外側半分が切れて、線幅が半分になりますがどうされますか？」の方が穏当だと思います。

「作り直します」って言われるかもしれないし「線幅が細くなってもかまわないよ」って言われるかもしれないし「面倒（実際に作った人が別で、間に何人か入っていたりする）なので縮小してください」って言われるかもしれないし。