散布図の個々のデータにラベルを付ける方法は？

Illustratorもこのへんは本気度が足りない感があってもったいないですよね。もっと極めちゃえばいいのに……。

Mukaidaさんが紹介してくれているページ記載の解決策、すげえ！の一言ですね。

EPSならPostScript言語のプログラムが書けるワケで、そういう解決方法があったかと……。

他に有力なグラフの作成方法としては、Rのggplot2 + ggrepelで作図・ラベル付けして、PDFで持ってくるのが良いかなと思います。統計処理用の言語なのでデータの取り扱いが非常に楽ですし、ggplot2のプロット機能も、ggrepelのラベルが重ならないように調整する処理も非常に優秀です。PDFを埋め込んでバラして編集する際も、シンプルで扱いやすそうですよ。

Illustratorの機能だけでは、ラベルを作成する方法はないので、

例えば、Excelをお使いであれば、下記のアドインでExcelの散布図にラベルが自動で配置されます。

The XY Chart Labeler Add-in

この散布図を見ながら、手作業でラベルを付けるか、

ラベルの付いたExcelの散布図をPDF形式で保存してから、Illustratorで開き、ラベルの箇所だけコピーして、散布図の前面に貼り付け、ラベルの位置を調整する方法もできそうです。

Illustratorで開くと文字化けする場合は、Acrobat Proでフォントを変更しておけば対処できます。