書き出すと一部の線が消えてしまいます

よかったら、この部分だけデータをアップしてもらうことはできますか？

ai形式で保存→ 拡張子を.pdf に変更 で、ここに添付することが可能です。

見えている破線はすべて同じ設定でしょうか。

また利用バージョンや書き出しの具体的な設定がどのようになっているか、などもあったりはします。

ビットマップ系の書き出しをしている場合、買い出し解像度を上げてみる（結果としてピクセル数も増えます）のも確認してみてもいいかもしれません。