枠からずれてしまいます。

元のPDFの状態によってはそういう事も起こったりします。IllustratorはPDFを扱えますがPDFを編集する為のアプリケーションではありません。そのような状態になったものは手動で調整を行うしかありません。また、そのままPDFとして保存すると更にずれが生じたりすることも起こってきますので注意が必要です。

ところで、添付の画像ですが、お仕事のものではありませんか？
ここは単なるWebページで不特定多数が閲覧可能な場所です。問題が無いのなら良いのですが店舗情報や金額が読めますから印刷前のものだと問題になる可能性もあります。

画像ではなくPDFですね。

PDFを直接Illustratorで開かずに、新規ドキュメントに「配置」してください。

そのとき、「読み込みオプションを表示」にチェックを入れて（スクショはMacですが）から「配置」ボタン。

読み込みオプションが表示されたら、「トリミング」のところを変えてみてください。

おそらくは「仕上がり」でいい感じになると思うですが、だめだったら他のも試してみる。

それでもだめだったら、たぶん元からPDF自体の作りがだめなんだと思います。。

ところで店舗情報まるっと出てますが機密保持の関係は大丈夫なんでしょうか？