毎回開くたびに「文字組み更新」が表示されて、文字色も変に見える

すでに投稿があるのでご覧ください。

なお明確な原因は特定されておらず、対処方法もありません。

このファイルには以前のバージョンのillustratorで作成されたテキストが含まれていますと、毎回表示されます（更新して保存してもまた表示）

そもそも、v29はまだ仕事で使えるような状態ではないです。今年10月頃のAdobe  MAXまで「バグ発生→修正→バグ発生→修正」が何度も繰り返されます。これは現在のAdobeのアップデート方針から、メジャーバージョンアップ後の1年間は必ず起こる状況になっています。

仕事で使うなら、その繰り返しが終了したv28.7.3を使うべきでしょう。