「見つからない字形の保護」で使われる代替フォントを小塚ゴシック以外に変更したい

おそらくないと思います。

というのも、たとえば、Timesフォントを指定できたとしたらどうなると思いますか？　Timesフォントには日本語の字形が存在しませんよね。ですからその部分は豆腐になるか消えるか、いずれにせよ「見つからない字形の保護」の機能としては意味がないですよね。

もしフォントを指定できたとしても、そのフォントは小塚ゴシック同等かそれ以上の字形を持ったフォントでないといけないはずです。

すべてのユーザーが適切にフォントを指定できるとは私は思いません。また、適切なフォントを指定しなかったことによって、Adobeに「不具合だ」というのも無茶苦茶な話です。

ですから私は、「指定できないようにしているのが挙動として正解」だと考えます。

文章が分かりづらかったので追記です！

環境設定にて「見つからない字形の保護を有効にする」が有効になっている場合，AcuminやHelvetica等の欧文フォントで入力する際，和文の文字を入力すると，自動で小塚ゴシックに代替されると思います。

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環境設定にて「見つからない字形の保護を有効にする」が有効になっている環境で，AcuminやHelvetica等の欧文フォントのテキストエリアに和文の文字を入力すると，自動で小塚ゴシックに代替されると思います。