透明パネルが消えました。

現在利用しているワークスペースのリセットは試しましたか。

環境設定のリセットであればあらゆる設定がリセットはされるものの、設定を消したくない場合、かつ、パネル状態の初期化であれば、ワークスペースだけのリセットで事は済みます。

なおアンインストールしても環境設定は削除処理を選ばないと残り続けるので、それに依存するものは再インストールしても状態は変わらないことになります。

おかしいなと思ったら（Illustrator）

こちらは試しましたか？ もし試していなかったらぜひやってください。

とくに今回の場合「Illustrator の環境設定フォルダ全体を再作成」は必須です。

それで直らなかったら「G. 新規ユーザーアカウントの作成」をしてください。