配置で色が変わってしまう

同じ、同じ、だけでは読み手に伝わらないかと思います…

・Photoshopドキュメントのカラーモード

・Illustratorドキュメントのカラーモード

・配置の方法（リンク／埋め込み）

・Photoshop画像を配置したIllustratorドキュメントの保存形式

Ten Aさんの示唆された情報提示にあわせて上記の情報も必要となるでしょう。

どのように色を確認しているか、という点があります。

数値としての確認であれば、Acrobat Proでの出力プレビューで確認が必要になりますし、むしろ確実な確認はこれになります。

またそれぞれの作業環境のカラー設定（ICCプロファイル設定）が同一かどうかもあります。

メニュー「表示 > オーバープリントプレビュー」をONにしてみるとどうでしょうか。