ＰＮＧデータのピクセル数が決まっているためイラストレータで調整しているが問題は？

バージョンが記載されていないので最新版のCC2017で解説します。

ピクセル整合したオブジェクトを作成するには、オブションバーの右上に二つのボタンを使います。

左側のボタンはオブジェクトのピクセル以下小数点を均してピクセルに整合するボタンです。

右側のボタンは、作成、移動、変形したオブジェクトがピクセル整合するかしないか切り替えるボタンです。

表示メニュー＞ピクセルプレビュー　にしておけば、長方形や円形などの図形も小数点以下のない状態で生成されます。

実際にウェブ上で問題があるかどうかはケースバイケースですので、ピクセルを整合するかどうかはウェブサイトの具体的な仕様をみないとなんとも判断つきません。
私の経験上では、概ねバナーなどピクセル数が小さい画像ほどピクセル整合が必要な場合が多いですかね…。

このあたりでどうでしょう？

• アートボードのサイズ（px単位）で書き出すようにする
• アートボードの原点が端数ピクセルになっているとサイズが大きくなるので、原点を揃える（ルーラーの左上をダブルクリックするなど）