premiere上ではオンラインなのにmedia encodorでは「オフラインメディアが検出されました」と表示される

おそらくキューを送らずにPremiere Proから直接書き出すとうまくゆくのではないかと思いますので、取り急ぎのものに関しては直接書き出す方法でしのいでいただけるのではないかと思います。

オフラインになってしまう素材がどのようなものか（ファイルの種類であったりファイルの保存場所など）によると思うのですが、問題がないファイルとオフラインになるファイルに明確な差があるか否かなど調べて原因を切り分けてゆくと、解決につながるかもしれません。

また、Adobe Media Encoderの「環境設定」の「一般」の中ほどにある「Premiere Pro」の枠内で、「シーケンスをネイティブ形式で読み込む」のチェックを外して（もともと外れていたら入れて）お試しいただくといかがでしょうか。