PrとMeエンコード後のカラーに明確な誤差がある

Mac環境をお使いとのことですので、おそらく表示ガンマの違いによるものかと思います。

Premiere Proからの書き出し時に色が変わってしまったのではなく、QuickTime Player（と申しますか、Mac環境全般）の表示ガンマが異なることによるものです。

現状の設定状況にも依存するのですが、まずは下記リンク先をご参考にしていただきつつ、ディスプレイのカラーの「カラーマネージメントを表示」にチェックを入れていただき、ビューアガンマを1.96にした状態で、Premiere Pro上の表示とQuickTime Player側の表示を比較していただくといかがでしょうか。

Premiere Pro のカラーマネジメント 

※Premiere Pro側の設定です。