作業が途中でフリーズした場合の対処

スッキリするような対処法ではなく恐縮ですが、「止まってしまった」という症状（CPUやGPUの負荷がゼロに近くMedia Encoderだけ全くの無反応、又は止まっているように見えるけれどもCPUやGPUは稼働している状態、OSごとフリーズして操作不能、等など）にもよりますものの、止まってどうにもならない時はパソコンを再起動せざるを得ないのではないかなと思います。

もっと具体的には、例えば作品中盤でレンダリングに時間がかかりそうな個所がある（重いエフェクトを使用している等）ことが分かっている場合には、止まっているように見えてもしばらく待ってみますし、特にそういった個所が無いのに止まっている場合には、待たずに強制終了を試みています。

そのほか、一部のファイル形式での書き出し(H.264のMP4など)では、映像のエンコードと音声のエンコードを終えたのちに映像と音声のファイルをひとつのMP4ファイルにまとめる処理（マルチプレクス）があるので、ストレージの速度があまり速くない状況（高速接続ではないNASなど）ですと、書き出し終盤で止まったように見えることがあるかもしれません。