書き出しが止まった

通常であればプロジェクトが保存されている状態でMediaEncoderに送り、

書き出しを始めた段階でAfterEffectsやPremiere Proなどは終了しても問題はないはずなのですが、

After Effectsが落ちた際にプロジェクトファイル自体になにかしら不都合が起こってしまった可能性も考えられます。

AfterEffectsを立ち上げ直してみる、このまましばらく様子を見ても改善の兆しが無いようでしたら残念ですが一旦終了させるしかないかと、、、

書き出し途中で試せることとしてはあまりおすすめできませんが各ソフトのキャッシュを削除してみるくらいかなと

また、すでに長時間の書き出しをされているので再度書き出しをする際の手順なのですが、

動画形式で書き出すのではなくファイル容量は大きくなりますがjpegやpng、Tiffといった画像シーケンスとして書き出しをしてあげることで途中でトラブルが起こっても任意の場所から再度書き出しを行うことができるのでおすすめです。

(書き出し完了後に改めて動画形式にする必要はありますがトラブル回避としては最適です)