書き出し時にエラー発生

After Effectsからの書き出しなのかPremiere Proからの書き出しかといったことや、「一部のエフェクト」がどのようなエフェクトなのかわかりませんので的確な返信にならないかもしれないのですが、おそらくPremiere Proからの書き出しだと思いますので、ワークアラウンドとしては

・正常に書き出せないエフェクトの部分のみハードウェアによるレンダリングで書き出して、新たなシーケンスにてソフトウェアレンダリングで書き出したファイル組み合わせる。

（ProResなどの中間コーデックを用いると再圧縮の劣化軽減できると思います）

・最初のエラーメッセージのタイムコードから、問題のある素材を特定して、その部分の編集を変更して回避する（大きなサイズの画像が入っていれば、あらかじめPhotoshopなどで縮小した素材に差し替えるなど）。

といった方法も考えられると思います。

納品までにあまり時間が無い場合には、一つめの方法が確実かもしれません。

解決につながるか否かは分かりませんが、時間に余裕がありましたらGPUのドライバを更新してみるのも一つの方法かと思います。