12/16にMuseアップグレード後、また「サーバー上の一部のファイルが見つからないか、正しくない可能性があります」が表示されてしまいました。

12/16にMuseアップグレード後、アップロードしたらそのページのみ、Safariで「サーバー上の一部のファイルが見つからないか、正しくない可能性があります」が表示されてしまいました。（CromeとFireFoxでは大丈夫でした。）「.htaccess」も全て削除し、キャッシュもクリアし、エラーコンソールを見ても何も見つからず、どのように解決すればいいのかわかりません。

サーバー上ではメインページの他にいくつかディレクトリがあり、それごとにMuseで作成していて、今回アップグレード後に、ある１つのディレクトリに対するMuseデータを更新アップロードしたら、そのディレクトリのデータを表示すると必ず「サーバー上の〜」が表示される、という感じです。（なので原因がアップグレードなのではないかと。）

ちなみに「サーバー上の〜」は表示されますが、表示は崩れることも欠けることもなく無事問題なく表示されております。（そんなに複雑な作りでもないからかもしれませんが。。）

例えば今回ある１つのディレクトリ内しかアップグレードバージョンで更新しませんでしたが、サーバー上の全ての他のデータをこのアップグレードバージョンでアップロードしなおしたら解決するんでしょうか？（ディレクトリがたくさんあるので今の所怖くてできてませんが。。。）

何か解決方法がありましたら教えてください。。

追記：Safari開発にて、javascriptを無効にすると「サーバー上の〜」は表示されませんでした。しかしこのページではEdge Web Fontsを使用しており、javascriptを無効にしてしまうと表示が崩れてしまいます。他に独自で書き込んだscriptはgoogle-analyticsのみで、それを削除して再度アップロードしても「サーバー上の〜」は相変わらず表示されました。Safari開発で「要素」を閲覧しながらページを開くと、data-whatinput="mouse" が表示されない状態で「サーバー上の〜」がページ上には表示され、その警告を消すとdata-whatinput="mouse" が表示され無事閲覧できる、ということから、whatinput.jsが何か問題あったりするんでしょうか？

とりあえず素人目ではありますが気づいたことを書いてみました。どうぞよろしくお願いします！

OS X Elcapitan 10.11.6／MuseCC2017 です。