2025で29.97/1080iのシーケンスでFILMIMPACTのトランジションが フレームが抜けたような　カクカクした動きになります。以前は滑らかだったのに

インターレースの処理が正しく行われない現象ですね……。バグと言っても良い現象だと思います。

ソフトウェアレンダリングの品質でよろしければ、トランジションをかけた範囲に調整レイヤーを入れて「レンズフレア」を「フレアの明るさ0％」、つまり全く効果が出ない状態にして入れていただきますと、とりあえずは回避できるかと思います。

（ソフトウェアレンダリングしかできないエフェクトを入れることで、強制的にソフトウェアレンダリングにフォールバックさせる、裏技的な方法でございます。）

※文面からWindows環境と推測して返信しておりますが、macOSでは私は未検証でして、この方法は使えないかもしれないです。