23.976fpsの動画を読み込んだ時に長さがズレる

まず、

>フレームレートが23.976fpsで、1時間44分2秒

この1時間44分02秒という時間は、どのような方法で調べたものでしょうか？

>Premiereに読み込ませると、1時間43分55秒

premiere Proに限らずですが、23.976fpsの素材のタイムコードは「ノンドロップフレーム(NDF)」で扱われますので、実際の再生時間よりも短い表示（1/1.001）となります。

これは、59.94iの素材をNDFで扱うときと全く同じです。

つまり、Premiere Proの23.976fpsのシーケンスで1時間43分55秒になっているということは、実際の再生時間は約7秒ほど長くなりますので、1時間44分02秒になりますね。

なので、もし1時間44分02秒という数値が、実際にストップウォッチなどで再生時間を計測したものでしたら、Premiere Pro上で1時間43分55秒と表示されるのは全く問題なく正常な状態です。

別の見方をしますと、「タイムコードだけ」に関しては、お書きになられている

>Premiereは23.976fpsを24fpsとして認識しているように思えます。

という考え方で合っています。

59.94i(29.97fps)のタイムコードを30fpsで表記しているのと全く同じことです。放送用途では厳密に放送時間が決まっているので1時間に3.6秒もずれては大変なので、「ドロップフレーム(DF)」という手法でタイムコードを間引いてカウントする方法がとられています。

23.976fpsの素材をダイレクトに放送に使うことは無いので、タイムコード設定に24fpsのDFが存在しないのだと思います。

【追記】

本来の再生時間を知るだけでよろしければ、「オーディオユニット時間で表示」という機能が役立ちます。

「ソース」や「プログラム」ウィンドウ右下辺りのスパナ型のボタンや、シーケンス名右の三本横線のボタンから設定できます。

23.98fpsでタイムコード値は45分00秒00フレームですが、「オーディオユニット時間で表示」を選択すると……

実際には45分02秒強であることがわかります。

（シーケンスのタイムコードのスタート値が00:00:00:00以外では、オーデオユニット時間で表示するとスタート位置はキリの良い値になりません。）